微生物肥料具有防治作物疾病和保护生态环境的作用。前面已经说过，化肥，尤其是氮肥的使用不仅增加了产量，它还带来了一些病虫害的负面影响。高氮肥促进了稻瘟的发生。土壤有机质的减少导致土壤病原体缺乏拮抗微生物，导致疾病逐年恶化。然后，使用大量化学农药进行预防和控制。然而，只有1%左右的农药用于预防和控制目标，99%的农药附着在作物和土壤上，或者散落在空气中，或者通过降雨进入地表水和地下水，导致农产品质量下降，残毒严重，污染空气，污染水质、土壤和农业生态系统，进而影响人畜健康。
伴随着全国数十个城市相继出台的厨余垃圾管理方法，厨余垃圾的合理利用和标准化处理越来越受到人们的重视。直接粉碎或填埋等无害化处理方法，如传统厨余垃圾，无法充分发挥其潜在的资源价值和利用价值，显然不适应。唯有结合厨余垃圾的构成和特点，科学的处理技术才能实现其资源化，特别是制备新能源技术，才是未来的发展方向。
目前国内外都在积极发展生态农业(绿色农业、有机农业)，倡导生产安全无污染的绿色食品。生产绿色食品需要尽可能少的化学肥料、化学农药和其他化学物质(或限量使用)。要求使用的肥料应符合三个原则。①保护和促进作物生长，提高质量；②不要让作物产生和积累有害物质；③对生态环境没有不良影响。微生物肥料由具有特殊功能的有益微生物制成，基本符合上述三个原则。所以，中国。
厨余垃圾生化(堆肥或产沼)处理机是一种全新的专用设备，用于处理生活中易腐烂的有机垃圾，如剩饭、剩菜、果皮、菜叶、泔水等。机器上预设了以固体为载体的微生物。它是由多种生物技术引导和繁殖而成的微生物菌种。必要时(温度为60-80℃，提供适当的湿度和氧气)，处理机可在8-24小时内分解投入的有机垃圾。超过90%的有机垃圾转化为无害水蒸气、二氧化碳和热量，以气体的形式排出，约10%的残留物完全转化为无害、无污染的标准绿色有机肥。在反应过程中，微生物会产生40-70℃的高温，能杀死垃圾中的大多数病原微生物和寄生虫，残留物可用作肥料。适用于大城市无集中处理场的机关食堂等含水量低的垃圾。
生物肥能有效处理各种有机废物。目前，我国城市垃圾年增长约1亿吨，以10%的速度增长，200多个城市陷入垃圾环境。在处理这些固体废弃物的各种方法中，利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾(也包括农作物秸秆等)，制作微生物肥料是经济有效的方法。主要有两种。方法:一是以城市生活垃圾为原料，发酵成微生物有机复合肥；二是用微生物菌剂堆积发酵各种农牧材料，形成优质堆肥。
微生物肥料在农业生产中的作用。微生物肥料对蔬菜硝酸盐的影响。蔬菜是人类日常生活中不可或缺的食物，也是人们摄取微生物、钾、镁、锌、锰等元素的重要来源。随着人们生活水平的提高，对蔬菜的品种和质量，尤其是营养、卫生和安全提出了更高的要求。然而，蔬菜是一种容易浓缩硝酸盐的植物。硝酸盐的含量与蔬菜品种有关。过量施用氮肥和不正确的施肥方法可以加剧这种积累。蔬菜中积累的硝酸盐虽然对蔬菜本身无害，但会对人和动物造成伤害。
城乡生活垃圾处理-微波破裂技术。微波破裂技术是新型自动分类技术应用中的技术形式，具有建设成本低、运行简单、处理时效好的优点，城乡地区政府部门设立垃圾处理厂，引进微波破裂技术，将生活垃圾分解为热能、电能等清洁能源。
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